1.- La papelera de reciclaje es MUY ÚTIL cuando estás utilizando WordPress para correr cualquier cosa que no sea un blog (utilizándolo como CMS, que ya llega al 50% de su uso) y cuando no tienes usuarios profesionales. Cuando tienes usuarios comunes que pinchan en muchas cosas sin querer, es tremendamente útil.
Además, no tienes que hacer esos 3 clicks innecesarios. Con añadir a tu wp-config.php poderoso la línea define(‘EMPTY_TRASH_DAYS’,7); vas que te matas :).

2.- El Reparar bases de datos también es muy útil. Cada vez que se queda basura es porque borramos cosas, y hay que chequear la tabla para que borre esa basura. El común de los usuarios no tiene acceso al PHPMyAdmin, y a los mantenedores de sitios nos ahorra un tiempo semanal precioso de tener que pasar por todas las bases de datos una a una haciendo que se borre la basura.
Cuando tienes 100 bases de datos, te aseguro que lo notas ;).

3.- Te faltaría añadir el add theme support. Es una de las nuevas ventajas. Le puedes decir a cualquier tema qué plugins necesita, y al instalarlo en tu sistema te instala también los plugins asociados.

4.- Para programadores hay otras cosas que hacen la vida más fácil:
** Campos personalizados en adjuntos, páginas y comentarios.
** Una nueva API para controlar esos metadatos.
** Actualización de plugins múltiple.
** Botón deshacer (para usuarios, genial).
** Una API limpiacódigo sucio.

Un saludo :)

Saludos!